Во главе монгольской империи стоял монгольский великий хан. Он же одновременно осуществлял верховную власть над собственно Монголией. За великим ханом следовали хатуны, царевич — наследник престола, царевичи и князья-ханские родственники.
Внося изменения в административную систему собственно Монголии, Хубилай-хаган прежде всего назначил царевича-наследника престола (хуан тай-цзы) с золотой печатью на управление всей Монголией. Иными словами, начиная с периода правления Хубилай-хагана власть принца была расширена, его функции четко определены. Назначение заранее принца крови — наследника престола, с одной стороны, явилось мерой предосторожности против борьбы за престол, с другой — имело целью заставить будущего хагана управлять государственными делами собственно Монголии. Хубилай стал великим ханом империи Юань, а царевич-наследник престола — ханом, ведавшим делами всей Монголии. Этот порядок, установленный Хубилаем, сохранялся в силе до конца династии Юань.
По правилу, введенному Хубилай-хаганом, царевич, которому предстояло наследовать хаганский престол, должен был управлять государственными делами всей Монголии, но жить в Каракоруме и воспитывать в себе хаганские качества и командовать армией.
В эпоху Юань главные силы монгольской армии постоянно расквартировывались в районе Каракорума, т. е. большой контингент войск находился вблизи столицы. Благодаря этому Монголия с центром в Каракоруме всегда держала наготове военную силу для защиты своей территории. Организация армии не претерпела особых изменений по сравнению с временем существования единого монгольского государства.
При возведении очередного хагана представители знати съезжались в Каракорум, Шанду или Ханбалгасун, и там проводились торжества. Так как столицы Шанду и Ханбалгасун были основаны Хубилаем, полагалось устраивать торжества по случаю возведения хагана на престол в одном из этих городов. Внук Хубилая Гаммала и другие втайне были против такого порядка, считая, что торжества должны совершаться в Каракоруме. Сын Гаммалы Есун-Тэмур по наставлению отца занял престол, устроив торжества в Каракоруме.
Лицом, ведающим государственными делами собственно Монголии и стоящим по положению на ранг ниже царевича-наследника престола, был цзиньский князь, или князь хаганского происхождения, назначенный из-числа царевичей. Китайский историк Юй Баян пишет: «В эпоху Юань царевич, постоянно живший в Каракоруме, становился цинь-ваном. После Юань термин цинь-ван превратился в джинонг». Но цинь-ван, о котором говорит Юй Баян, не цзинь-ван периода Юань, эти термины выражают два различных понятия. Принц крови не был цзинь-ваном.
По «Юань ши», цзинь-ван (князь государства хаганского происхождения) должен был быть только один. «Цзинь» означает «начало, происхождение». В Китае устанавливались такие династии, как Западная Цзинь, Восточная Цзинь и Поздняя Цзинь. Они рассматривались как династии, наследовавшие друг другу согласно своему происхождению. Этим объясняется то, что в эпоху Юань одновременно был только один цзиньский князь, управлявший собственно Монголией. Поэтому «цзинь-ван» (букв, «цзиньский князь») в переводе на монгольский — «князь по происхождению» или «князь по происхождению, правящий государством».
«Цинь-ван» означает «князь-хаганский родственник». Танский император выделял удел родному младшему брату или родному сыну и присваивал ему титул цинь-вана. Эта практика продолжалась в эпоху Сун, Юань и Мин, а при династии Цин титул этот был повышен. Вопреки мнению Юй Баяна надо полагать, что не цинь-ван (князь-хаганский родственник), а цзинь-ван (князь государства, хаганского происхождения) со временем превратилось в монг. джинонг — «соправитель хана из числа царевичей». В эпоху Юань было много лиц с титулом цинь-ван; в «Юань ши» отмечается, что таких крупных князей насчитывалось 45.
В эпоху Юань цинь-ван, или князь-хаганский родственник, управлял монгольской территорией, остававшейся вне ведения цзинь-вана, или «правящего князя по происхождению», и некоторыми землями в Китае и других завоеванных странах.
Царевич-наследник до вступления на хаганский престол был обязан возглавлять административное управление Монголией. Лица, называемые «царевичами», состояли из хаганских родных и приемных сыновей, исключая наследника, и внуков, т. е. сыновей родных и приемных сыновей. Они получали в собственность от императора самые большие владения иногда в Монголии, иногда в покоренных странах. Так, четвертый сын Хубилай-хагана Номухан и сын Хайсан-хагана Хошила жили в Монголии в полученных ими уделах вместе со своими зависимыми (харийату).
Цзиньский князь, обладатель печати, дававшей право на управление Монголией, имел во владении обширные удельные земли и много зависимых — харийату. У принцесс и императорских зятьев также были крупные владения и помногу семей харийату. Принцессами были родные или приемные дочери хагана. Императорскими зятьями являлись главным образом те лица, которые вступили в брачный союз с принцессами. Бывали также случаи, когда императорские зятья назывались князьями. Но в целом князья не были императорскими зятьями. В большинстве случаев князьями были другие лица из императорской родни. Князья подразделялись на правителей уделов и городов и не-правителей. В период Юань насчитывалось всего 45 крупных князей.
Темники и тысячники имели право передавать по наследству свои уделы (хуби) потомкам. В «Юань ши» говорится, что если кто «скроет родного сына и подменит другим лицом», то он подлежит строгому наказанию. Темники носили на поясе золотые пайцзы с изображением тигра, тысячники — золотые пайцзы и сотники — серебряные пайцзы. Военные должностные лица — «главноуправляющие» (цзун-гуань), «главнохватающие» (цзун-ба), «подавляющие» (тань-я) и другие получали уделы и крепостных, во многих случаях жили в различных районах Китая. Заслуженные полководцы также имели уделы, харийату, дворцы. В «Тун-чжи тяо-гэ» отмечено: «Только император распоряжается наследованием сыновьями и внуками монгольских потомственных нойонов, чинов и должностей их отцов». Там же еще сказано: «Если сын потомственного нояна совершит преступление, то выносится приговор после обсуждения на совете».