Деятельность Боевой организации в первую очередь отличалась своей конспиративностью. В то время как в "Народной воле» одни и те же люди были и теоретиками, и организаторами, и террористами, вовлеченными во все сферы партийной жизни, лидеры партии эсеров придерживались распространенного в радикальной среде того времени мнения о необходимости профессионализма в революционной и особенно в боевой деятельности. Следуя этому убеждению, центральный комитет ПСР ввел разделение труда и организовал в России небольшой отряд революционеров, единственной обязанностью которых были подготовка и совершение политических убийств и которые должны были держаться как можно дальще от всякой другой партийной деятельности.
Таким образом, эсеровская террористическая организация была создана на основе убеждения, что ключом к успеху является использование специальных кадров, занимающихся исключительно боевой деятельностью и соблюдающих строгую конспирацию. В peзультате изоляция террористической группы достигла такой степени, что влиятельные члены партии часто не имели ни малейшего понятия о том, что происходит в Боевой организации, и даже иногда сомневались в ее существовании.
Даже Центральный комитет не имел права вмешиваться в ее внутренние дела, и, во всяком случае в первое время, большинство лидеров партии, которые, как Чернов, по разным причинам не изъявляли желания лично участвовать в терроре, не пытались изменить такой статус Боевой организации, особенно пока уважаемые и почти обожествляемые боевики, окруженные ореолом опасности и тайны, приносили славу партии своими террористическими подвигами. Такая ситуация не могла долго существовать без последствий, ибо, согласно наблюдениям Лакера о террористической деятельности вообще, у боевиков «всегда есть чувство обиды против политиков, которые ничем не рисковали и потому не имели морального права направлять действия террористов, если, конечно, это не совпадало с их желаниями и убеждениями. Короче говоря, почти всегда имели место разногласия и соперничество между политической и террористической частями партии и стремление террористов к полной автономии».
Это заявление вполне справедливо и по отношению к боевикам-эсерам, которые в результате своей конспиративной работы и образа жизни в России выработали свои обособленные взгляды и чувство собственной исключительности. Верность друг другу ценилась выше преданности партии. Таким образом Боевая организация постепенно превратилась в нечто вроде секты, члены которой считали, что только они по-настоящему несут «революционный крест» России. Они не просто совершали террористические акты, они видели в терроре нечто священное. Примечательно, что и Центральный комитет впал в ту же крайность и, в полном противоречии с теоретическими принципами, согласно которым терроризм является лишь одним из средств партийной работы среди масс, стал рассматривать центральный террор как наиболее важную часть своей деятельности.
Это подтверждается и тем фактом, что при распределении партийных средств лидеры партии не отказывали Боевой организации ни в чем, если не хватало денег, они экономили на всем, но только не на боевой деятельности. В результате боевики очень скоро решили, что только они одни осуществляют действительно революционные действия, и, в духе нового типа терроризма, относились с большим скептицизмом к любой абстрактной теории и мало интересовались внутрипартийными и межпартийными политическими дебатами, а часто и политикой вообще.
Ни один из трех лидеров Боевой организации (Григорий Гершуни, Борис Савинков и Евно Азеф) не проявлял никакого интереса к теоретическим проблемам. Роль Гершуни сводилась исключительно к организации и подбору кадров; у Савинкова просто не было времени для теоретизирования, так как он лично принимал участие в терактах, придавая им основное значение; загадочный Азеф, разоблаченный в 1908 году как полицейский агент, никогда не скрывал своего пренебрежения к социалистической идеологии и открыто заявлял о том, что он состоит в партии только до установления в России конституционного строя. Эсеры даже прозвали его «кадетом с террором».