Спустя двенадцать дней после того как подписано было соборное изложение о способе принятия латинян-поляков и других в православную Церковь (в 4-й день декабря 1620 г.), патриарх Филарет вновь созвал Собор, чтобы решить еще, как принимать «самих белорусцев, приходящих от Польскаго и от Литовскаго государства в православную веру нашу греческаго закона, в державу Московскаго государства и хотящих быти с нами вкупе христианы (т. е. православными)».
Это было, можно сказать, лишь второе заседание прежнего Собора, потому что на нем присутствовали все те же святители вместе с митрополитом Сарским Ионою, и к ним прибавился только один недавно произведенный архиепископ Сибирский и Тобольский Киприан. В начале заседания Филарет сказал присутствовавшим: «Когда я был в Польском и Литовском государстве, я видел многие церковные несогласия у самих христиан (т. е. православных), которые называются там белорусцами. Они именуются православными, а многие из них не соблюдают правил и преданий святых апостолов, святых Соборов и святых отцов. В одном доме у них у отца с детьми, у мужа с женою, у господина с рабами три или четыре веры: один держит веру христианскую (православную), другой папежскую, третий лютерскую, иной кальвинскую, иной новокрещенскую, иной арианскую, и все вместе на одной трапезе едят и пьют и совокупляются браком, а иные вместе и молитву творят. Многие из них молятся и за низверженного папу во время литургии, на ектениях и литиях и называются униатами, потому что приняли унию, или соединение, с папежниками. Архиереи их и все духовенство признают над собою власть папы и древнее предание святых апостолов и святых отцов не все содержат. Иные там ради напастей и гонений покорились папе, многие омрачились еретичеством и вдаются всяким ветром учения, противного истинной вере христианской, а иные терпят беды и напасти ради нашей христианской веры и пребывают непреклонными в папино учение». Объяснив таким образом, почему необходимо разрешить вопрос, как принимать в православную Церковь белорусцев, между которыми существует столько разноверия, патриарх занялся вместе с Собором обсуждением этого вопроса и наконец соборне приговорил: а) когда кто-либо придет к нам, в Русскую державу, из Польского и Литовского государства и скажет, что он, белорусец, и есть истинный христианин греческого закона, то такого прежде испытывать, как он верует и истинно ли крещен в три погружения или крещен чрез обливание; если сам скажет, что он крещен в своей земле, а у них в крещении обливают, а не погружают, то его при принятии в православную Церковь совершенно крестить в три погружения, и если не миропомазан, то и миропомазать; б) равно если белорусец скажет, что он крещен в христианскую веру, но поп, крестивший его, поминает папу за Божественною литургией (т. е. принял унию), то и такого белорусца совершенно крестить в три погружения, и он должен еще проклинать латинскую ересь; в) а которые скажут про себя, что они крещены в греческую веру чрез троекратное погружение и миропомазаны, тех, хотя бы и не было на то свидетелей, не крестить вновь и не миропомазывать, но только велеть им поститься неделю и исповедаться, и если они на исповеди пред духовником по совести подтвердят, что говорят правду о своем крещении, то их с разрешения архиерейского считать такими же христианами, как и всех крещенных в Московском государстве; д) белорусцев, которые крещены обливанием и причащались в костелах или хотя бы и не причащались, крестить в три погружения, но имен их не переменять, и они должны еще проклинать латинскую ересь, только при крещении не говорить «младенческого отрицания»; е) белорусцев, которые скажут о себе, что они были в иной вере и перешли из той веры в христианскую в совершенных летах и крещены в Литве от русского попа, который молится за папу, также крестить совершенным крещением, и они должны произносить при крещении и латинское, и еретическое, и младенческое отрицания. Излагая такие правила о способе принятия белорусцев в Русскую Церковь, патриарх и Собор делают замечание, что они не новое предание вводят, а поновляют и укрепляют древнее, последуя заповедям святых апостолов и святых отцов, но самих заповедей этих не приводят. Настоящее соборное изложение подписано патриархом и прочими святителями в дому Пресвятой Богородицы 16 декабря
Издав такие постановления относительно латинян и белорусцев, патриарх Филарет сам первый старался и выполнять эти постановления со всею строгостию. К нему на патриарший двор передавались из Государева разряда иноземцы для расспросов об их вере. И Филарет приказывал по окончании расспросов рассылать всех иноземцев латинского и протестантского исповедания, мужчин и женщин, по монастырям мужским и женским, и всех крестить по-православному. В числе этих иноземцев часто находились белорусцы и вообще пришельцы из Литовско-Польского государства, не одни униаты, но и православные, нередко монахи, иеродиаконы, иеромонахи, даже игумены, и все они, хотя были крещены православными священниками, а иные пострижены в православных киевских и других обителях и получили священство от православных архиереев, греческих или западнорусских, принуждены были по приказанию патриарха вновь креститься чрез троекратное погружение, если сознавались, что крещены чрез обливание. Таким образом, в течение одного года (11 сентября 1623 — 22 августа 1624 г.) крещено было несколько десятков латинян и белорусцев по приказанию Филарета. Чрез несколько лет пришел к нему один из бывших униатских архиепископов, пожелавший возвратиться к православной Церкви. Филарет приказал и его вновь крестить как крещенного прежде чрез обливание. Это был некто Афиноген Крыжановский, который в 1630 г., июня 24-го явился в Путивль и дал здесь воеводам следующее о себе показание: пострижен он был в Мозырском Свято-Духовском монастыре и в 1628 г. рукоположен во иеромонаха Киевским митрополитом Иовом в Киево-Печерской лавре. Но как только возвратился в свой Мозырский монастырь, княгиня, жена Адама Вишневецкого, взяла его, Афиногена, в свой Брагин монастырь в архимандрита, а потом, едва прошел год, изгнала его. Он отправился к униатскому митрополиту Велямину Рутскому, который не только принял его в унию, но и поставил во Владимире Волынском вместе с двумя другими униатскими епископами архиепископом Хорвацкой земли и дал ему ставленую архиерейскую грамоту. Около полугода служил он архиепископом у митрополита Рутского, а теперь желает покаяться и вновь принять православие. Затем Афиноген вручил путивльским воеводам письмо о нем густынского игумена Феодосия к царю и патриарху и свою ставленую архиерейскую грамоту и просил переслать в Москву. Царь велел пропустить Афиногена в столицу, а патриарх после предварительного испытания Афиногена велел присоединить его к православной Церкви чрез крещение, определил в Угрешский монастырь и вскоре сделал его там даже келарем. Но Афиноген, воспользовавшись монастырскими доходами, задумал воротить себе архиерейское достоинство и чрез посредство какого-то князя далматского Ивана Альберта, находившегося в Москве, решился послать письмо да четыре сорока соболей турецкому паше, чтобы тот заставил Цареградского патриарха Кирилла Лукариса написать грамоту прощальную ему, Афиногену, и разрешил ему быть по-прежнему архиепископом, а другие четыре сорока соболей и несколько денег назначил послать самому Кириллу Лукарису. Все это Обнаружилось, и разгневанный Филарет послал (17 июня 1632 г.) Афиногена Крыжановского в нижегородский Печерский монастырь, велел держать этого чернеца-вора в хлебне на цепи скованного и потом допросить на правеже об его замыслах и о деньгах, что он воровски собрал с вотчин Николо-Угрешского монастыря. Афиноген сознался во всем, и найденные у него деньги были отобраны.