Наконец все просили, чтобы Государь не требовал Новогородцев к себе на службу и поручил им единственно оберегать северо-западные пределы России. Бояре донесли о том Великому Князю и вышли от него с следующим ответом: «Ты, богомолец наш, и весь Новгород признали меня Государем; а теперь хотите мне указывать, как править вами?» — Феофил и Посадники били челом и сказали: «Не смеем указывать, но только желаем ведать, как Государь намерен властвовать в своей Новогородской отчине: ибо Московских обыкновений не знаем». Великий Князь велел своему Боярину, Ивану Юрьевичу ответствовать так: «Знайте же, что в Новегороде не быть ни Вечевому колоколу, ни Посаднику, а будет одна власть Государева: что как в стране Московской, так и здесь хочу иметь волости и села; что древние земли Великокняжеские, вами отнятые, суть отныне моя собственность. Но снисходя на ваше моление, обещаю не выводить людей из Новагорода, не вступаться в отчины Бояр и суд оставить по старине».
Прошла целая неделя. Новгород не присылал ответа Иоанну. Декабря 14 явился Феофил с чиновниками и сказал Боярам Великокняжеским: «Соглашаемся не иметь ни Веча, ни Посадника; молим только, чтобы Государь утолил навеки гнев свой и простил нас искренно, но с условием не выводить Новогородцев в Низовскую землю, не касаться собственности Боярской, не судить нас в Москве и не звать туда на службу». Великий Князь дал слово. Они требовали присяги. Иоанн ответствовал, что Государь не присягает. «Удовольствуемся клятвою Бояр Великокняжеских или его будущего Наместника Новогородского», — сказал Феофил и Посадники: но и в том получили отказ; просили опасной грамоты: и той им не дали. Бояре Московские объявили, что переговоры кончились. Тут любовь к древней свободе в последний раз сильно обнаружилась на Вече. Новогородцы думали, что Великий Князь хочет обмануть их и для того не дает клятвы в верном исполнении его слова. Сия мысль поколебала в особенности Бояр, которые не стояли ни за Вечевой колокол, ни за Посадника, но стояли за свои отчины. «Требуем битвы! — восклицали тысячи: — умрем за вольность и Святую Софию!» Но сей порыв великодушия не произвел ничего, кроме шума, и должен был уступить хладнокровию рассудка. Несколько дней народ слушал прение между друзьями свободы и мирного подданства: первые могли обещать ему одну славную гибель среди ужасов голода и тщетного кровопролития; другие жизнь, безопасность, спокойствие, целость имения: и сии наконец превозмогли. Тогда Князь Василий Васильевич Шуйский-Гребенка, доселе верный защитник свободных Новогородцев, торжественно сложил с себя чин их Воеводы и перешел в службу к Великому Князю, который принял его с особенною милостию.
29 декабря послы Веча, Архиепископ Феофил и знатнейшие граждане, снова прибыли в Великокняжеский стан, хотя и не имели опаса, изъявили смирение и молили, чтобы Государь, отложив гнев, сказал им изустно, чем жалует свою Новогородскую отчину. Иоанн приказал впустить их и говорил так: «Милость моя не изменилась; что обещал, то обещаю и ныне: забвение прошедшего, суд по старине, целость собственности частной, увольнение от Низовской службы; не буду звать вас в Москву; не буду выводить людей из страны Новогородской». Послы ударили челом и вышли; а Бояре Великокняжеские напомнили им, что Государь требует волостей и сел в земле их. Новогородцы предложили ему Луки Великие и Ржеву Пустую: он не взял. Предложили еще десять волостей Архиепископских и монастырских: не взял и тех. «Избери же, что тебе самом) угодно, — сказали они: — полагаемся во всем на Бога и на тебя». Великий Князь хотел половины всех волостей Архиепископских и монастырских: Новогородцы согласились, но убедили его не отнимать земель у некоторых бедных монастырей. Иоанн требовал верной описи волостей и в знак милости взял из Феофиловых только десять: что вместе с монастырскими составляло около 2700 обеж, или тягол, кроме земель Новоторжских, также ему отданных. — Прошло шесть дней в переговорах».