Лѣтомъ 1586 года въ Москву пріѣхалъ Антіохійскій патріархъ Іоакимъ ѴІ-й (1586–1587). Пользуясь этимъ, царь поднялъ вопросъ объ учрежденіи патріаршества во время засѣданія въ Боярской Думѣ и сказалъ нижеслѣдующее:
«По волѣ Божіей, въ наказанье наше Восточные патріархи и прочіе святители только имя святителей носятъ, власти же едва-ли не всякой лишены; наша же страна, благодатью Божіей, во многорасширеніе приходитъ и потому я хочу, если Богу угодно и Писаніе Божественное не запрещаетъ, устроить въ Москвѣ превысочайшій престолъ патріаршескій». Духовенство и бояре выразили свое одобреніе, прибавивъ, что слѣдовало бы испросить согласіе всей Восточной Церкви, «да не скажутъ пишущіе на святую нашу вѣру латиняне и прочіе еретики, что въ Москвѣ патріаршій престолъ устроился одной царской властью».
Патріархъ Іоакимъ согласился предложить этотъ проектъ Собору Греческой Церкви.
Въ 1587 году въ Москвѣ узнали о согласіи патріарховъ Константинопольскаго и Антіохійскаго, но ожидались еще отвѣты отъ патріарховъ Александрійскаго и Іерусалимскаго. Въ 1588 году Іеремія II-й, патріархъ Константинопольскій, пріѣхалъ, въ свою очередь, въ Москву, гдѣ поднялся вопросъ о переселеніи его самого во Владиміръ въ качествѣ патріарха Всероссійскаго. Проекту этому помѣшали незнаніе языка и русскихъ обычаевъ, а, кромѣ того, выборъ его могъ быть обиднымъ для митрополита Московскаго Іова.
Наконецъ, 26 января 1589 года, изъ трехъ кандидатовъ: митрополита Іова Московскаго, архіепископа Александра Новгородскаго и архіепископа Варлаама Ростовскаго, соборомъ выбранный Іовъ былъ посвященъ въ патріархи. Карамзинъ такъ описываетъ торжество этого избранія: «28 января 1589 г., послѣ вечерни, сей наименованный первосвятитель въ епитрахилѣ, въ омофорѣ и въ ризѣ пѣлъ молебенъ въ храмѣ Успенія со всѣми епископами, въ присутствіи царя и безчисленнаго множества людей; вышелъ изъ алтаря и сталъ на амвонѣ, держа въ рукѣ свѣчу, а въ другой письмо благодарственное къ государю и духовенству. Тутъ одинъ изъ знатныхъ чиновниковъ приблизился къ нему, держа въ рукѣ пылающую свѣчу, и сказалъ громко:
“Православный царь, Вселенскій патріархъ и соборъ освященный возвышаютъ тебя на престолъ Владимірскій, Московскій и всей Россіи”. Іовъ отвѣтствовалъ: “Я рабъ грѣшный; но если самодержецъ, вселенскій господинъ Іеремія и соборъ удосуживаютъ меня столь высокаго сана, то пріемлю его съ благодареніемъ”. Торжественное посвященіе совершилось 31-го января на литургіи. Когда патріархъ, отпѣвъ литургію, разоблачился, государь собственною рукою возложилъ на него драгоцѣнный крестъ съ Животворящимъ Древомъ, бархатную зеленую мантію съ источниками или полосами, жезлъ св. Петра-митрополита и въ привѣтственной рѣчи велѣлъ именоваться главою епископовъ, отцомъ отцовъ, патріархомъ всѣхъ земель сѣверныхъ, по милости Божіей и волѣ царской» (Карамзинъ, «Ист. Гос. Россійск.», т. X. гл. 2).
Замѣтимъ, что, въ отличіе отъ епископовъ, восточные патріархи имѣли слѣдующіе знаки отличія: посохъ, поллиставрій, саккосъ, стихарь съ гаммами и треугольниками.
Патріархъ далъ званіе митрополитовъ архіепископамъ: Новгородскому, Казанскому, Ростовскому и Крутицкому (въ Москвѣ); шесть епископовъ стали архіепископами: Вологодскій, Суздальскій, Нижегородскій, Смоленскій, Рязанскій и Тверской.
Только въ іюнѣ 1591 года митрополитъ Терновскій привезъ Іову утвержденную всѣми патріархами грамату на Московское патріаршество, въ которой Москвѣ отводилось пятое мѣсто, послѣ Іерусалима, вмѣсто папы Римскаго.