«Новоуказные статьи» 1669 года, устанавливая казни за совращение христиан в другую религию, упоминали особо о евреях: «аще жидовин или агарянин дерзнет развратить от христианской веры христианина, повинен есть казни главней; а аще жидовин христианина раба имый и обрежет его, да отсекнут ему голову». Из сих строк можно сделать заключение, что еврейское население было представлено свободными обывателями, которые могли даже пользоваться трудом христиан.
Впрочем, и ранее, при царе Михаиле Федоровиче, правительство против жительства евреев решительно ничего не имело. Так, в результате Поляновского мира 1634 года иудеи, как и прочие пленные, были разосланы по отдалённым местностям страны; разделяя общую судьбу, они были сосланы в города «в службу» и в деревни «на пашню». При этом было специально оговорено, что не крестившимся должно быть дано столько же хлеба, сколько обращенным.
Можно определённо сказать, что и в годину царя Алексея иудеи, как правило, разделили участь прочих пленных, литовцев и поляков. Обратимся к фактам. Государева грамота от 27 июля 1656 года Гродненскому воеводе повелевала: «А которые Жиды придут в Гродно и учнут нам, великому государю, бить челом, чтоб их под нашею Царского Величества высокою рукою, и ты бы тех Жидов принимал и к вере по их закону приводил, и велел им жить в Гродне по-прежнему». А когда после трёхмесячной осады в 1655 году пал Витебск, царь распорядился поступить со всеми «полоняниками» (включая и евреев) по справедливости. Значительное еврейское население осталось и в Смоленске и после сдачи его русским в 1655 году. Да и в Договоре о перемирии между государствами Российским и Польским, учиненном в деревне Андрусово (1667), утверждалось безусловное освобождение еврейских пленных и разрешение им остаться в России.
Между тем иные историки говорят о лютой нетерпимости Тишайшего к евреям, и именно ею объясняют изгнание иудеев из завоёванных русскими Могилёва (1654) и Полоцка (1658). На самом же деле государь здесь был вынужден подчиниться многочисленным ходатайствам местных жителей, которые, в свою очередь, ссылались на старинные привилегии и статуты, так называемое Магдебургское право, основанное на недопущении евреев в эти города. Правда, из-за алчности и непомерной жесткости казачьего полковника Константина Приклонского (между прочим, только присягнувшего царю) в Могилёве не обошлось без кровопролития. Евреи, вынужденные спешно покинуть город, были обманом согнаны частью на Печёрское поле, частью – на равнину у городской дороги, и перебиты все без остатка. Очевидец, игумен Орест, сообщал в своих «Записках», что смертоубийства учинили покорыстовавшиеся еврейским добром мародёры-казаки. Но избиение евреев вызвало гнев в Москве, так что мещане города вынуждены были оправдываться, и «сложили эту вину на казаков Поклонского», о чём пишет историк Сергей Соловьёв.
И примечательно, что власти всегда проявляли внимание к евреям-изгнанникам, направляя их в российские города в сопровождении стрельцов и за казенный счёт. Как отмечает историк Юлий Гессен, когда благодаря военным действиям в московском государстве появились пленные евреи, к ним относились никак не хуже, чем к прочим пленным. Иудеи, попавшие в Московию во время русско-польских войн 1654–1667 годов, переводились из одного города в другой для приискания им надлежащего жилья. Документы Разрядного приказа указывают на обширную географию миграции иудеев. В одном из указов говорится об отправке нескольких сотен человек из Калуги в Нижний Новгород, причём «провожатых дать Калужских стрельцов 20, а государева жалования [им] в дорогу на корм велено дать на месяц, семьянистым по шти денег, одиноким по четыре деньги человеку на день». Есть сведения, что другие партии евреев из Новгорода были перевезены в Ярославль, а затем отправлены в Казань. Большинство же иудеев было расселено в Поволжье, на Урале и в Сибири и постепенно растворилось в окружающем населении.
Царь всемерно поощрял переход пленных евреев на русскую службу, особенно если те были изрядными мастерами. Известно, что после Андрусовского перемирия 1667 года Пушкарский приказ хлопотал о неотпущении на родину могилёвского еврея Исачки, поскольку тот «научен огнестрельным и гранатным делам, стрелять гранаты умеет; да ему ж дана для ученья огнестрельных и гранатных дел и для всяких тайных промыслов немецкого языка печатная книга». Вполне вероятно, что евреями были живший с 1654 года в Москве «в пушкарях» изготовитель пороха Ивашка Григорьев родом из Дубровны; Гришка Мотовицкий из Полоцка, определившийся «в Оружейную палату в кормовые мастера»; а также отданный «на кормление частному лицу» пленный из Литвы некто Мосейка. Документ 1659 года упоминает ещё ряд московских обывателей-евреев: некий Марка с женой, торговец ветошью; Оспа с женой и сыном, занимавшийся «черной работой»; Якубка Израилев, который «пёк на торг хлебы»; Моска Марк, торговец мясом и т.д.
Вообще же, как свидетельствуют документы, в Москве могли селиться преимущественно крещеные евреи. Некоторые оказались в московской Немецкой слободе, где жили лютеране и католики, и среди них Марко Яковлев с женою Дворкою из Горок (Белоруссия), девушки Ганка и Рыся, дочери Меоровы и Эстерка Юдина (все из Мстиславля), Махляиз Горок, Марчко-Захар Яшев из Дубровны. Немало евреев обосновалось и в московской Мещанской слободе, образованной выходцами из западного края, что отражено в списках лиц, живших там своими домами и снимавших в наем клети (относительно некоторых есть отметки «еврей», «еврейской породы», «родины еврейские»). Кое-кто из них весьма преуспел и, освободившись от тягла и личной повинности, выбился в купеческий класс. При этом некоторые евреи скоро достигли видного положения среди московского купечества. Так, Федор Григорьев и Афанасий Самойлов в апреле 1659 года были «выборными»: их подписи имеются в «протоколах» мирских сходов того года. Историк-краевед Владимир Снегирев указывает на значительную еврейскую популяцию и называет среди жителей Мещанской слободы будущего видного деятеля петровской эпохи, вице-президента Главного магистрата Илью Исаева, а также Федора Иевлева, Давида Тимофеева, Владимира Израилевича Елисеева, Ивана Константинова, Якова Самойлова, Семёна и Ивана Яковлевых, их зятя Павла Степанова и других. Мещанскую слободу называли ещё «слободой перекрестов», ибо там могли жительствовать лишь лица, обращённые в православие. Их имена и фамилии становились неотличимыми от русских.