В 1589 году, Фёдор, по внушению своего любимца, учредил в России патриаршество. Церковь Русская, с самого своего основания, была под управлением одного митрополита; теперь митрополитов поставлено в России четыре и к ним шесть архиепископов, под высшею властью Иова, патриарха московского и всея России. Умножив и возвыся таким образом духовных сановников, Годунов приобрел в них, на всякий случай, крепкую себе опору.
Сановники светские и потомки знаменитых древних родов, из личных выгод, теснились вокруг него усердною толпою. Без сомнения, некоторые из них, например, Шуйские, таили в душе желание и надежду отмстить ему за братьев и друзей; но благоразумие, заставляло их до времни скрывать свои чувства: «на всех людей, говорит летопись, нашел страх и все стали ему покоряться и во всем творить его волю.» Была, притом же, еще одна причина согласию аристократов с Годуновым. Уже шесть лет Фёдор царствовал; слабость здоровья не обещала ему долголетия, а детей у него не было. Умри Фёдор сегодня, — завтра провозгласят царем Угличского Дмитрия; а известно, что, по смерти Иоанна IV, Шуйские с товарищами были, равно как и Годуновы, противниками Дмитриевой партии и что Дмитрий был удален в Углич советом всех начальнейших российских вельмож. Молодой царевич воспитывался в мрачном Угличском дворце, похожем на монашескую обитель, вдали от брата, вдали от столицы. Ему было уже около девяти лет. Мать и дяди его, Нагие, внушали ему свою ненависть к московскому правительству, толковали об ожидающем его престоле, призывали даже ворожеи к царевичу, чтоб узнать, долго ли жить Фёдору. Ходили слухи, что резвый мальчик часто хвалился перед дворцовыми слугами, как он отомстит своим гонителям, и что однажды, слепив вместе с другими детьми из снегу несколько человеческих фигур, назвал их именами придворных и начал рубить саблею: одному отсек голову, другому руку, третьяго пронзил насквозь, говоря будто бы: «Так будет им в мое царство!»
Подобные слухи, при всей своей ничтожности, тревожили в Москве начальнейших людей. Решено было освободиться от опасного царевича насильственною мерою. Не известно, всех ли приверженцев Бориса Годунова должно упрекать в этом ужасном замысле наравне с ним, только убийство очевидно было задумано в Москве. Выполнить его поручено было дьяку Михаилу Битяговскому, по словам летописи, человеку лютому и зверообразному. Михайло Битяговский, определенный к должности дворецкого при Угличском царевиче, нашел средства согласить на кровавое свое дело брата своего Данила, племянника Качалова, мамку царевича боярыню Волохову и её брата Осипа. Они условились сложить беду на падучую болезнь царевича, о которой распространились в Угличе слухи, да и в самой столице, и выжидали только удобной минуты для свершения ужасного своего предприятия. Однажды, в майское утро, мамка вывела царевича на крыльцо. Тут один из убийц, взяв его за руку, спросил: «У тебя, государь, новое ожерелье?» — «Нет, старое», отвечал царевич, приподняв голову. В эту минуту сверкнул в руке убийцы нож; но удар по горлу был неверен. Крик показавшейся в дверях кормилицы испугал злодея; он бросил нож и убежал. Но двое других убийц вырвали несчастного царевича из рук кормилицы, зарезали и быстро скрылись. Мать прибежала на шум, но уже поздно: бездыханное тело сына, как-будто оживленное её воплем, затрепетало последним трепетом. Вслед затем явились дяди царевича, Нагие, и велели бить в набат. Гонцы поскакали по всем улицам, от ворот к воротам: «Чего стоите? царя у вас нет!» говорили они жителям, выскакивавшим на громкий стук их. Страшная весть облетела Углич в одну минуту; каждый спешит на царевичев двор. Там отчаянная мать с братом своим, Михайлом Нагим, терзают предательницу мамку, приговаривая: «Твой брат зарезал его с Битяговским!» По обвинению царицы, народ отыскивает убийц, влечет на место преступления и вместе с виновными убивает многих невинных. Раздраженная толпа излила свою ярость даже на слуг, изъявлявших жалость к господам своим. Холоп Волохова пал на него и хотел защитить своим телом, — оба лишены жизни вместе. Другой, видя свою госпожу, мамку царевича, с распущенными седыми волосами (великий срам по тогдашним понятиям), прикрыл ее своею шапкою, — в ту же минуту его убили. Но страсти наконец успокоились, и Нагие вместе с Угличанами ужаснулись последствия стольких убийств без суда законного. Написали донесение к царю, отправили в Москву гонца, а между тем постарались дать убитым Битяговским с товарищами вид вооруженных разбойников. Одним вложили в руку обагренные куриною кровью ножи, на других бросили железные палицы, сабли, самопалы и оставили в ожидании суда из Москвы; а тело царевича Дмитрия положили во гроб и поставили в соборной церкви.